当山は万治元年(1658)熱田区田中の地に南部新左衛門光則が開基す。
開山は大須總見寺開山忠嶽瑞恕（寺説では總見寺四世北禅禅秀とする）。
延命地蔵尊坐像を本尊とする。
安永元年(1772)本堂再建、同六年には総門を上梁する。
文化十三年(1816)十月總持院は自休寺と寺地を交換して旗屋に移る。
この後一旦絶法の後、總見寺十三世霊源祖満和尚が第五代となる。
--- 自休寺 ---
南部甚左衛門朝邦は文禄四年(1595)熱田区布瀑女(ソブクメ)(海国寺西)に自休寺(古くは自休庵と号す)を開基す。
開山は北禅禅秀和尚。
観世音菩薩坐像を本尊とした。
自休寺は寛文二年(1662)寺地を旗屋の海国寺田地（現總持院の地）に移す。
その後荒廃に帰するを以て、文化十三年十月總持院と寺地を交換する。
--- 自休寺 ---
昭和二十年(1945)三月大戦下の空襲により罹災、寺塔佛像庫裡悉く焼失す。(自休寺も同じく罹災、本堂庫裡悉く焼失す)
然るに終戦後農地解放となり寺有の田畑の大部を失いたることもあり再建侭ならず、仮堂を設け、檀家南部康彦氏が滋賀県地安寺に乞うて薬師如来坐像を奉戴し本尊として安置す。
境内隣接の墓地は名古屋市戦災復興土地区画整理事業に基き、名古屋市千種区平和公園内に總持院霊園を設けて之に移す。
昭和二十七年(1952)新法により宗教法人登記、同時自休寺を廃寺となし之を吸収して同寺に残りたる僅かな墓石も当霊園に移す。
昭和三十五年(1960)七月、七代宗達和尚寂す。
總持院縁りの西区楽音寺住職杉村禅喜和尚を迎え兼務住職となす。
禅喜和尚本堂再建に奔走し、境内地の一部を売却処分して資金とし、昭和五十四年(1979)本堂及び庫裡の一部を再建復興し、翌五十五年十一月名古屋徳源寺瑞雲軒老大師を迎えて入佛式を厳修す。
昭和五十四年木曽妙覚寺より現住職を迎え、翌五十五年十一月、本堂入佛式と同日入山式を修め第六世・第八代住職就任す。
昭和六十二年(1987)木造平屋建て庫裡が手狭となりたるため、庫裡の増改築を行う、完成は昭和六十三年五月。（二階建てとなる）
平成十年(1998)九月、本堂が手狭となりたるため本堂の増改築工事着工、翌平成十一年一月完成を見る。
（内陣部分を北へ拡張、位牌堂を併設、位牌堂二階部分を新築）
平成十五年(2003)七月、来る2008年に迎える當山開創三百五十年を記念して山門改修工事着工、この年は長雨に付き九月一日に竣工す。
参考資料 ： 「南部家由来記」 南部新太郎氏 編集・著